新しいサーバーをもらったのでデータベースをそちらに移行。これまで30秒以上かかってたアップデート作業が4秒以下にまで短縮。今までのサーバーと違いらしい違いといえばメモリが1GBから4GBになっただけなのだが、やっぱりメモリが問題だったのかなぁ。